Elektroforézny systém pozostáva z dvoch hlavných komponentov: napájacieho zdroja a elektroforéznej komory. Napájací zdroj dodáva energiu. „Sila“ je v tomto prípade elektrina. Elektrina, ktorá pochádza z napájacieho zdroja, prúdi jedným smerom z jedného konca elektroforetickej komory na druhý. Katóda a anóda komory sú to, čo priťahuje opačne nabité častice.
Vnútri elektroforetickej komory je tácka - presnejšie lejacia tácka. Odlievacia miska sa skladá z nasledujúcich častí: sklenená doska, ktorá je vložená do spodnej časti odlievacej misky. Gél sa drží v odlievacej miske. Hrebeň vyzerá ako jeho názov. Hrebeň sa vkladá do štrbín na boku odlievacej misky. Do štrbín sa vkladá PRED naliatím horúceho rozpusteného gélu. Po stuhnutí gélu sa hrebeň vyberie. "Zuby" hrebeňa zanechávajú v géli malé otvory, ktoré nazývame "studne". Jamky sa robia, keď horúci, roztavený gél stuhne okolo zubov hrebeňa. Hrebeň sa vytiahne po ochladení gélu, pričom zostanú jamky. Jamky poskytujú miesto na umiestnenie častíc, ktoré chcete testovať. Pri nakladaní častíc musí byť človek veľmi opatrný, aby nenarušil gél. Prasknutie alebo rozbitie gélu pravdepodobne ovplyvní vaše výsledky.